COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 20.398346 20.398346 20.469144
2021-03-19 17:00:00 21.939284 21.939284 20.588763
2021-03-18 17:00:00 20.691229 20.691229 20.571131
2021-03-17 17:00:00 19.589836 19.589836 20.484640
2021-03-16 17:00:00 18.734614 18.734614 20.376647
2021-03-15 17:00:00 25.538642 20.691229 20.314998
2021-03-14 17:00:00 20.723348 20.723348 20.223120

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 21.867612 21.867612 18.111075
2021-03-19 17:00:00 21.764092 21.764092 18.392496
2021-03-18 17:00:00 16.733068 23.439878 18.314462
2021-03-17 17:00:00 15.004936 15.004936 17.812569
2021-03-16 17:00:00 11.440907 11.440907 17.361806
2021-03-15 17:00:00 19.375736 19.375736 16.917210
2021-03-14 17:00:00 13.243132 13.243132 16.601696

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 23.407643 23.407643 20.738501
2021-03-19 17:00:00 16.315049 16.315049 20.353916
2021-03-18 17:00:00 25.942029 25.942029 19.944329
2021-03-17 17:00:00 17.573222 17.573222 19.506054
2021-03-16 17:00:00 17.510549 17.510549 19.068297
2021-03-15 17:00:00 15.914489 32.541568 18.631589
2021-03-14 17:00:00 18.434783 18.434783 18.230094

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 12.717883 12.717883 12.329514
2021-03-19 17:00:00 15.228838 15.228838 12.268396
2021-03-18 17:00:00 13.439787 13.439787 12.273068
2021-03-17 17:00:00 7.387141 7.387141 12.176217
2021-03-16 17:00:00 11.811622 11.811622 11.931775
2021-03-15 17:00:00 12.971985 12.971985 11.519004
2021-03-14 17:00:00 14.734774 14.734774 11.313420

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 16.241402 16.241402 15.987178
2021-03-19 17:00:00 12.898850 12.898850 16.423836
2021-03-18 17:00:00 13.696014 13.696014 16.611989
2021-03-17 17:00:00 20.120800 20.120800 16.919543
2021-03-16 17:00:00 18.226736 18.226736 17.202148
2021-03-15 17:00:00 25.372303 13.019569 17.426766
2021-03-14 17:00:00 18.928737 18.928737 17.504370

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 42.838019 42.838019 43.780093
2021-03-19 17:00:00 53.071417 53.071417 43.860109
2021-03-18 17:00:00 39.553055 39.553055 43.589236
2021-03-17 17:00:00 32.916328 32.916328 42.809359
2021-03-16 17:00:00 45.179975 45.179975 42.594936
2021-03-15 17:00:00 69.031311 69.031311 42.271560
2021-03-14 17:00:00 38.135486 38.135486 41.838852

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 21.282593 21.282593 21.923347
2021-03-19 17:00:00 21.885522 21.885522 21.805652
2021-03-18 17:00:00 24.338624 24.338624 21.780483
2021-03-17 17:00:00 20.836855 20.836855 21.792962
2021-03-16 17:00:00 22.414943 22.414943 21.805571
2021-03-15 17:00:00 25.945241 22.022363 21.847734
2021-03-14 17:00:00 18.431492 18.431492 21.827892

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 8.604640 8.604640 8.507894
2021-03-19 17:00:00 10.769837 10.769837 8.428873
2021-03-18 17:00:00 9.064044 9.064044 8.345481
2021-03-17 17:00:00 7.765943 7.765943 8.247844
2021-03-16 17:00:00 7.007443 7.007443 8.149972
2021-03-15 17:00:00 15.430983 7.127610 7.979681
2021-03-14 17:00:00 8.408353 8.408353 7.867012

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 16.630356 11.710240 11.455036
2021-03-19 17:00:00 15.288221 11.600430 11.618316
2021-03-18 17:00:00 11.452810 11.452810 11.726230
2021-03-17 17:00:00 11.358811 11.358811 11.767203
2021-03-16 17:00:00 13.061691 13.061691 11.720332
2021-03-15 17:00:00 18.701700 8.787219 11.600867
2021-03-14 17:00:00 15.696822 11.784141 11.689806

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 31.765949 31.765949 33.129229
2021-03-19 17:00:00 31.672598 31.672598 33.554207
2021-03-18 17:00:00 33.030800 33.030800 33.780882
2021-03-17 17:00:00 32.990448 32.990448 33.895127
2021-03-16 17:00:00 37.497786 37.497786 34.110267
2021-03-15 17:00:00 29.972565 29.972565 34.114039
2021-03-14 17:00:00 33.177677 33.177677 34.111255

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 22.181912 22.181912 23.230008
2021-03-19 17:00:00 23.736645 23.736645 23.301734
2021-03-18 17:00:00 23.475522 23.475522 23.182781
2021-03-17 17:00:00 18.476149 23.594267 22.896919
2021-03-16 17:00:00 15.549677 24.661964 22.224858
2021-03-15 17:00:00 33.173461 22.657111 21.954357
2021-03-14 17:00:00 16.979052 23.070562 21.798397

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 8.136483 8.136483 8.834142
2021-03-19 17:00:00 8.023483 8.023483 8.790914
2021-03-18 17:00:00 14.310954 14.310954 8.940489
2021-03-17 17:00:00 7.519531 7.519531 9.024977
2021-03-16 17:00:00 3.564356 13.366337 8.964748
2021-03-15 17:00:00 10.493827 2.442529 8.968056
2021-03-14 17:00:00 6.280193 6.280193 8.940466

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 46.215139 46.215139 54.556717
2021-03-19 17:00:00 59.905660 59.905660 54.807667
2021-03-18 17:00:00 53.054662 53.054662 55.712386
2021-03-17 17:00:00 45.533141 45.533141 55.831915
2021-03-16 17:00:00 67.829457 67.829457 57.006738
2021-03-15 17:00:00 22.413793 61.240310 57.559746
2021-03-14 17:00:00 52.551020 52.551020 56.298074

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 67.770419 67.770419 63.839225
2021-03-19 17:00:00 57.954545 57.954545 64.100942
2021-03-18 17:00:00 72.112676 72.112676 64.699374
2021-03-17 17:00:00 75.197889 75.197889 64.855767
2021-03-16 17:00:00 40.860215 40.860215 64.122392
2021-03-15 17:00:00 28.260870 74.184783 65.287469
2021-03-14 17:00:00 61.486486 61.486486 65.138648

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 22.646499 22.646499 21.215481
2021-03-19 17:00:00 28.270918 20.366003 21.530395
2021-03-18 17:00:00 25.658611 25.658611 21.510304
2021-03-17 17:00:00 24.038072 24.038072 21.511988
2021-03-16 17:00:00 19.542071 19.542071 21.393451
2021-03-15 17:00:00 37.174563 17.638720 21.035802
2021-03-14 17:00:00 23.423148 15.830316 21.004473

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 36.620499 36.620499 30.039573
2021-03-19 17:00:00 28.141258 28.141258 29.760613
2021-03-18 17:00:00 40.107879 40.107879 29.503115
2021-03-17 17:00:00 24.053267 24.053267 28.978246
2021-03-16 17:00:00 18.383673 27.216327 28.419952
2021-03-15 17:00:00 24.791956 27.883959 28.574190
2021-03-14 17:00:00 58.254628 26.622928 28.804072

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 4.206186 4.206186 4.930489
2021-03-19 17:00:00 6.027890 6.027890 4.891195
2021-03-18 17:00:00 6.859410 6.859410 4.935434
2021-03-17 17:00:00 4.435873 4.435873 4.847800
2021-03-16 17:00:00 3.451289 3.451289 4.806385
2021-03-15 17:00:00 7.177498 3.567985 4.721272
2021-03-14 17:00:00 6.406080 6.406080 4.684933

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 13.813814 13.813814 13.442177
2021-03-19 17:00:00 14.633731 14.633731 13.383231
2021-03-18 17:00:00 13.402412 13.402412 13.360128
2021-03-17 17:00:00 13.344710 13.344710 13.340214
2021-03-16 17:00:00 12.552477 12.552477 13.321657
2021-03-15 17:00:00 11.451719 11.451719 13.260396
2021-03-14 17:00:00 14.359335 14.359335 13.222151

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 13.582801 11.833228 11.744941
2021-03-19 17:00:00 12.280702 12.280702 11.677679
2021-03-18 17:00:00 13.200140 11.381085 11.544350
2021-03-17 17:00:00 12.284420 12.284420 11.430026
2021-03-16 17:00:00 13.289993 11.045662 11.344623
2021-03-15 17:00:00 17.494464 11.711793 11.236678
2021-03-14 17:00:00 11.927612 11.927612 11.110632

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 28.730823 28.730823 24.609483
2021-03-19 17:00:00 19.782609 19.782609 24.412991
2021-03-18 17:00:00 20.462850 20.462850 24.668697
2021-03-17 17:00:00 33.997901 33.997901 24.771348
2021-03-16 17:00:00 17.588496 17.588496 24.518674
2021-03-15 17:00:00 43.708609 22.787611 24.711261
2021-03-14 17:00:00 30.963303 30.963303 24.851004

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 18.373494 18.373494 17.971270
2021-03-19 17:00:00 29.439252 16.822430 18.121524
2021-03-18 17:00:00 19.170984 19.170984 18.007068
2021-03-17 17:00:00 10.698690 22.897196 17.223699
2021-03-16 17:00:00 8.304498 8.304498 16.500221
2021-03-15 17:00:00 65.454545 65.454545 16.581968
2021-03-14 17:00:00 18.784530 18.784530 15.509344

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-20 17:00:00 25.061305 25.061305 32.265641
2021-03-19 17:00:00 47.603675 47.603675 32.440888
2021-03-18 17:00:00 28.028012 28.028012 32.404589
2021-03-17 17:00:00 36.328967 36.328967 32.363914
2021-03-16 17:00:00 28.162963 28.162963 32.170855
2021-03-15 17:00:00 26.791972 56.100669 32.669649
2021-03-14 17:00:00 34.313514 34.313514 32.739445

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 21.867612 21.867612 18.111075
Basilicata 23.407643 23.407643 20.738501
Calabria 12.717883 12.717883 12.329514
Campania 16.241402 16.241402 15.987178
Emilia-Romagna 42.838019 42.838019 43.780093
Friuli Venezia Giulia 21.282593 21.282593 21.923347
Lazio 8.604640 8.604640 8.507894
Liguria 16.630356 11.710240 11.455036
Lombardia 31.765949 31.765949 33.129229
Marche 22.181912 22.181912 23.230008
Molise 8.136483 8.136483 8.834142
P.A. Bolzano 46.215139 46.215139 54.556717
P.A. Trento 67.770419 67.770419 63.839225
Piemonte 22.646499 22.646499 21.215481
Puglia 36.620499 36.620499 30.039573
Sardegna 4.206186 4.206186 4.930489
Sicilia 13.813814 13.813814 13.442177
Toscana 13.582801 11.833228 11.744941
Umbria 28.730823 28.730823 24.609483
Valle d'Aosta 18.373494 18.373494 17.971270
Veneto 25.061305 25.061305 32.265641

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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